学校院系
学院
法学、医药、工程、信件、科学、农业、经济学、艺术与科学学院、教育、药学院、历史、环境研究。
研究生院
人文与社会学、教育、法律与政治、经济学、艺术与科学学院、科学、工程、农业和生命科学、医药、药学院、数学科学、前沿科学、信息科学与技术、跨学科信息研究、公共政策。
研究机构
医学科学研究所、地震研究所、东方文化研究所、社会科学研究所、工业科学研究所、史学研究所、研究所分子与细胞生物学、宇宙射线研究所的研究、固体物理研究所、海洋研究所、研究中心高级科学和技术。

学校构成
学部
法学部为东大历史最老,也是声望很高的学部,为东京大学支下的部门机构,为东京大学所管辖。日本历史上很多政界要人均出自该学部。设有民主、公法、政治学3系,附属部门有外国法文献中心,近代日本法政史资料中心。
文学部设文学、史学、语言学、行动学4系,附设文化交流,北海文化研究两实习实验部门。该学部亦出过众多名扬日本的文学家、诗人、俳名作家、艺人等明星。
经济学部仅含经济学、经营学两系,附属有日本产业经济研究室。
教育学部设教育学、教育心理学、学校教育、教育行政、体育和健康教育 5 系,附属学校有中学、高中各一所。
医学部有医学、健康护理学两系,附设脑研究实验室、医学电子实验室、声音语言医学实验室、实验动物饲养室,两所附属医院,附属学校有养护学校、接生护士学校。该学部以外科,特别是脑外科在世界上十分有名。
理学部设数学、信息科学、物理、天文、地球物理、化学、生物化学、生物科学、地学9系,附属部门有临海实验场、植物园、基本粒子物理国际中心、光谱化学研究中心、地壳化学研究室、天文学教学研究中心等。
工学部东京大学最庞大的学部,含有23个系109个讲座,几乎覆盖了所在地工程学科,包括土木、机械、电子、船舶、航空、原子能、资源、金属、材料、应用化学、应用物理、计算等领域的众多学科,还设有一个工程基础系,一个原子能工程研究和综合试验场。
药学部只含药学、制药化学两系,附设药用植物园。
农学部开设农业生物学、农业化学、林业学、水产学、农业经济学、农业工程、兽医学、林产学8系,附设有农场,实习林场、牧场、兽医院、水产实验场、绿地植物实验场等实习实验设施。
教养学部负责全校低年级学生的公共基础课,下分综合文化、地区文化、社会科学有关学科、系统自然科学、自然科学有关学科5系,并设有美国研究资料中心,语言文化中心、数理科学研究室等。

大学院(研究生院)
研究生院设有人文科学、教育学、法学与政治学、社会学、经济学、综合文化、理学、工学、农学、药学、原子能、数理科学12个研究科,共分104个专业研究方向。研究生院又具有学部的教学功能,它设有为本科生和研究生授课的教研室一类组织95个,分属于10个相当于系一级的机构中。
人文社会系统研究科
教育学研究科
法学政治学研究科
经济学研究科
综合文化研究科
工学系统研究科
农学生命科学研究科
医学系统研究科
药学系统研究科
数学理论科学研究科
新领域创成科学研究科
情报理工学系统研究科
情报学环·学际情报学府

附属研究所
东京大学的科学研究力量强大,机构众多,共有12个研究所和13个供全校乃至全国共同使用的研究中心。

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