学部（本科）
医学部
法学部（法律学科、政策法学科）、经济学部（经济学科、国际经济学科、综合经济政策学科）、经营学部（经营学科、商学科、会计学科、职业商务管理学科）、文艺学部（文学科、艺术学科、文化学科、英语多文化交流沟通学科）、综合社会学部（综合社会学科）、建筑学部（建筑学科）、理工学部（理学科、生命科学科、应用化学科、机械工学科、电气电子工学科、情报学科、社会环境工学科）、药学部（医疗药学科、创药科学科）、农学部（农业水产科学科、水产学科、应用生命化学科、食品营养学科、环境管理学科、生物科学学科）、生物理工学部（生物工学科。电子系统情报工学科。知识系统工学科、遗传子工学科、生体机械工学科）、医学部（医学科）、工学部（生物化学工学科、机械工学科、智能机械工学科、电子情报工学科、情报系统工学科、建筑学科）、产业理工学部（生物环境化学科、电气通信工学科、建筑设计学科、情报学科、经营商务学科）
大学院（硕士、博士）
生物理工学部
法学研究科（法律学专业）、商学研究科（商学专业）、经济学研究科（经济学专业）、综合理工学研究科（理工专业、物质系工学专业、力学系工学专业、电子工学系工学专业、环境系工学专业、东大阪制造专业）、药学研究科（药学专业）、文艺学研究科（日本文学专业、欧美文学专业、国际文化专业）、法务研究科（法科大学院、专门职学位课程）、农学研究科（农业生产科学专业、水产学专业、应用生命化学专业、生物学专业、环境管理学专业）、生物理工学研究科（生物工学专业、电子系统情报工学专业、机械制御工学专业）、医学研究科（生物理学系专业、病理学系专业、社会医学系专业、内科学系专业、外科学系专业）、系统工学研究科（系统工学专业）、产业技术研究科（物质工学专业、电子情报工学专业、造型学专业、经营工学专业）。
短期大学
短期大学部：商经科（情报管理专业、商务秘书专业、创业家专业）、通信教育部。
九州短期大学：生活福祉情报科、保育科。
丰冈短期大学：（由近畿大学弘德学园运营）：儿童学科、通信教育部、生活情报·福祉学科。
附属机构
研究所：水
工学部
产研究所、附属农场、原子力研究所（成立于1960年，在该研究所诞生了日本第一个民间原子炉。目前近畿大学仍为日本唯一一所拥有原子炉的私立大学。）、分子工学研究所、理工学综合研究所、产业·法律情报研究所、人权问题研究所、国际人文科学研究所、名俗学研究所、药学综合研究所、日本文化研究所、资源再生研究所、先端技术综合研究所、次世代基盘技术研究所（原工业技术研究所）、生命科学研究所、东洋医学研究所、肿疡免疫等研究所。
图书馆：中央图书馆、农学部图书馆、医学部图书馆、生物理工学部图书馆、工学部图书馆、产业理工学部图书馆。
医学部附属机构：附属医院（大阪府大阪狭山市）、堺医院（大阪府堺市）、奈良医院（奈良县生驹市）、关西国际机场诊疗所（大阪府泉佐野市关西国际机场内）、日本桥诊疗所（大阪府大阪市）。