在大学院有修士课程（注：即中国的硕士）和博士课程。

修士课程：修业年限2年

博士课程：修业年限5年，分为前期课程（2年。相当于上述修士课程）和后期课程（3年）。但医学、齿学记兽医学的博士课程（修完6年医·齿·兽医学部的课程后升学）的修业年限为4年。也有设置5年连贯制的博士课程和只有后期3年博士课程的大学院。

国外大学毕业的留学生，大多数是经过研究生、听讲生·科目等履修生后再参加大学院的考试。个别情况下，研究生、听讲生·科目等履修生同时被大学院或学部接收。

研究生※：其制度和名称（研修生·研修员）因学校而异，不能获取学分。要成为大学院的正式学生必须参加考试。

听讲生·科目等履修生※：听讲特定的科目，听课资格及允许听讲的科目数（学分）等都因各大学院研究科而异。也有作为科目等履修生可获取学分的制度。（因本书没有涉及到各大学院研究科是否设有听讲生·科目等履修生制度，请直接咨询各大学。）

※出入国管理及难民认定法(入管法)规定：外国人作为研究生或听讲生接受教育时，「根据其接受教育的教育机构举行的入学选考取得入学许可，并在该教育机构一周听课10小时以上」可获取「留学」的在留资格。另，一直以来一个科目计算为2小时，但是从1994年开始，被指出所在大学制度允许的范围内，实际听课时间应在一周10小时（600分钟）以上。

日本的大学通常从4月到次年的3月为1学年度，4月入学。研究生、听讲生·科目等。履修生的话，也有可以10月入学的大学。

另外上课时使用日语。虽然英语授课的地方增加了，但还是很少。因此需具备能理解上课内容的日语能力。